Il cuore di ogni cytometer è una cellula di flusso di alta precisione di vetro di quarzo con un canale superfino. Questo canale fornisce la stabilità del sistema fluido e così permette all'analisi ottica precisa degli unicellulari o delle particelle.
Il canale di flusso ha tipicamente un profilo quadrato o rettangolare del canale con le dimensioni soltanto di alcuni centesimi di un millimetro con le superfici altamente lucidate.
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