Il principio della depurazione biologica dei gas di scarico si basa su microrganismi che convertono il contenuto dei gas di scarico in prodotti innocui. Poiché il processo deve sempre avvenire in una fase più acquosa di quella disponibile nell'habitat dei microrganismi, i microrganismi sono cresciuti in una pellicola di umidità su un substrato o sospesi in una soluzione acquosa. I microrganismi sono batteri aerobici che ossidano il contenuto in presenza di ossigeno.
Le prestazioni di degradazione dei microrganismi dipendono fortemente dalle condizioni ambientali: non solo deve essere disponibile una quantità sufficiente di ossigeno e di sostanze nutritive, ma anche la temperatura, il pH e i livelli di umidità hanno un ruolo fondamentale da svolgere. A differenza di un bio-filtro, il vantaggio di un bio-scrubber è che può controllare la contaminazione microbiologica sulla superficie di scambio e mantenerla ad un livello sufficientemente basso.
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