Nella Metrosep A Supp 16 - 100 nella versione microbore vengono adottati flussi più bassi grazie al diametro interno più piccolo. In questo modo si riduce drasticamente il consumo di eluente. Il tempo di permanenza degli ioni nel rivelatore si prolunga e pertanto aumenta la sensibilità ovvero l'area del picco (con la stessa quantità di campione). Le colonne di separazione microbore vengono impiegate insieme all'MSM-LC. Le colonne di separazione da 2 mm Metrosep A Supp 16 sono dello stesso materiale delle rispettive colonne di separazione da 4 mm. La versione corta di questo tipo di colonna consente separazioni molto rapide.
La colonna è particolarmente adatta per applicazioni che presentano un elevato carico ionico ma che richiedono solo una risoluzione relativamente bassa. Grazie alla ridotta portata di eluente, questa colonna è particolarmente adatta per l'accoppiamento IC-MS.